药房上税的一般流程如下：
税务登记
药店在开业前必须向当地税务机关申请税务登记，取得税务登记证。
药店在申请税务登记时需要提供相关资料，并在营业场所悬挂税务登记证。
发票管理
药店在销售药品时必须开具正规发票，并按照规定进行发票管理。发票是药店纳税申报的重要依据。
药店应当建立健全的发票管理制度，确保发票的真实、完整、合法，并按照规定填写发票内容，妥善保管发票。
税务核算
药店应当按照国家税收法规的规定，建立健全的税务核算制度，确保纳税申报的准确性和及时性。
税务核算包括销售额的核算、税金的核算、成本费用的核算等。药店在销售额的核算中，应当按照实际销售额进行核算，并按规定计算销售额所对应的税金。在成本费用的核算中，药店应当合理分摊各项费用。
税款缴纳
药店应当按照规定的时间和方式缴纳税款。可以通过网上申报、银行转账等方式进行税款缴纳。
在缴纳税款时，药店应当按照规定填写纳税申报表，并保留好相关的纳税凭证。
具体税种及税率
药店一般需要缴纳增值税、城建税、教育费附加、地方教育费附加、个人所得税等。